Родился 27 февраля 1952 года в с. Карасуль (Ишимский район Тюменской области) в крестьянской семье. 

Окончил два факультета Тюменского индустриального института ‒ инженер-электрик по автоматике и телемеханике и горный инженер по технологии и комплексной механизации разработки нефтяных и газовых месторождений. Доктор экономических наук (2006 г.).

С 1974 года трудился на предприятиях производственного объединения «Нижневартовскнефтегаз» слесарем-механиком, инженером-технологом, старшим инженером, начальником лаборатории.

В 1980 году ‒ с первых дней обустройства нового, Урьевского, нефтяного месторождения  ̶  работает в НГДУ «Урьевнефть». С 1987 по 1990 год ‒ генеральный директор сформированного им производственного объединения «Лангепаснефтегаз».

В 1990 году в ходе альтернативных выборов становится председателем Тюменского областного Совета народных депутатов. Является зачинателем введения платного недропользования в нефтегазовом комплексе России, одним из инициаторов и разработчиков закона «О недрах».

В сентябре 1991 года Указом Президента России назначен главой администрации (губернатором) Тюменской области. Тюменская область в этот период – флагман всех новаций в сфере недропользования в России.

С января 1993 года ‒ министр топлива и энергетики Российской Федерации, организатор структурной перестройки нефтяной, угольной промышленности и электроэнергетики, перехода их на рыночные условия хозяйствования. В том же году избран сенатором Совета Федерации Федерального Собрания РФ.

В 1997 году ‒ советник председателя Правительства Российской Федерации. При этом создаёт и возглавляет Центральную топливную компанию, которая в короткие сроки заняла лидирующую позицию на региональном оптовом рынке нефтепродуктов.

В 2000 году создаёт и становится председателем Совета директоров Международной инвестиционной группы компаний «СоюзНефтеГаз» (СНГ).

Ю.К. Шафраник является сооснователем и председателем Высшего горного совета, основателем и председателем Совета Союза нефтегазопромышленников России, председателем Комитета Торгово-промышленной палаты РФ по энергетической стратегии и развитию топливно-энергетического комплекса, председателем Совета директоров Института энергетической стратегии, основателем и президентом Фонда «Мировая политика и ресурсы». Автор ряда книг, активно выступает на авторитетных международных форумах, регулярно встречается с лидерами стран и международных организаций.

Награжден Орденом Александра Невского, государственными орденами и медалями, Лауреат премии Правительства Российской Федерации (1999 г.) Заслуженный работник нефтяной и газовой промышленности Российской Федерации (2010 г.) Почетный гражданин города Лангепаса, Ханты-Мансийского автономного округа и Тюменской области.

Женат, имеет сына и дочь.